激光控制器的嵌入式系統軟件設計是指嵌入式微處理器ARM中運行的嵌入式操作系統的移植和應用軟件的設計，設計中可以將嵌入式系統軟件的開發分為四個層次。

引導加載程序 Bootloader是系統在上電或者復位后運行的第一段程序，類似于PC機的BIOS，完成嵌入式系統的硬件設備的初始化，內存空間映射圖的建立，為最終調用嵌入式操作系統準備好環境。這段程序需要根據硬件的不同作出修改，設計中通過修改vivi來作為本系統的Bootloader。

嵌入式Linux支持的硬件很多，是一個其內核可裁減的操作系統。為了獲得精簡的內核和高穩定性，就需要按照功能需求，對內核進行裁剪。準備好Linux 的內核源代碼，在PC機上安裝適合于該內核的交叉編譯器，然后修改Makefile文件，修改內核代碼完成對Nand Flash支持等，配置內核和完成編譯。

根文件系統用來存放系統運行時需要的設備文件、系統配置文件和存儲數據文件。系統引導程序就是從根文件系統設備上加載內核到內存中去的。

激光嵌入式應用程序往往都包含多個文件，其結構復雜，功能強大。根據嵌入式激光打標機控制器系統要實現的基本功能將應用程序劃分為若干個模塊，模塊式的結構能夠使編程設計更加簡單，在修改或增加其他功能時不需要對整體結構進行重新編排，模塊化的設計的各個模塊協調工作使激光打標機系統獲得良好的運行。